Фамилия Нюкина — женская форма от Нюкин, и чтобы понять её происхождение, нужно смотреть на мужской вариант. Самое интересное здесь — основа «Нюк-», которая неочевидна на первый взгляд. Скорее всего, это не самостоятельное слово, а производная форма от имени или прозвища.

Наиболее вероятная версия: Нюка — это народная, уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Андрей (через цепочку Андрей → Андрюха → Нюха → Нюка). Переход «х» в «к» в русских говорах встречается нередко (ср. диалектное «нюкать» — звать, кликать, но это уже другая этимология). Таким образом, Нюкин — «чей?» — сын Нюки, то есть потомок человека, которого в быту называли Нюкой. Суффикс -ин указывает на принадлежность, типичную для северных и центральных русских регионов.

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с диалектным глаголом «нюкать» в значении «мычать, издавать нечленораздельные звуки» или «плакать, хныкать». В этом случае прозвище Нюка могли дать неразговорчивому или, наоборот, капризному человеку. Однако прозвища от таких глаголов обычно имеют более грубую или экспрессивную окраску (Нюня, Нытик), и форма «Нюка» для них менее типична.

С точки зрения географии, фамилия Нюкин (и Нюкина) встречается спорадически, без ярко выраженного «гнезда». Она не относится к массовым, что говорит о её относительно позднем оформлении или локальном бытовании. В дореволюционных справочниках она не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, образованная от домашнего, уличного прозвища.

Однокоренных фамилий немного: Нюхин (от «нюх», обоняние) — совсем другая семантика, и Нюнин (от Нюня — плакса). Нюкина стоит особняком, и её разгадка лежит именно в бытовом сокращении имени Андрей, что делает фамилию родственной по модели таким, как Андрюхин, Андрюшин, но с более сильным фонетическим изменением.