Фамилия Ныйкина — женская форма, мужской вариант — Ныйкин. Это редкая фамилия, которая почти не встречается в общероссийских списках распространённых. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу, а она неочевидная.

Скорее всего, корень «Ныйк-» восходит к прозвищу или имени Ныйка. В русских говорах слово «ныйка» могло означать плаксу, нытика — человека, который постоянно жалуется или хнычет. Такие прозвища давали не столько для обиды, сколько как бытовую характеристику: «Ныйка» — тот, кто ноет, капризничает. В старину подобные прозвища легко становились фамилиями, потому что были яркими и запоминающимися.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — Ныйкин, то есть сын Ныйки. По этой модели образованы тысячи русских фамилий от личных имён и прозвищ (Петров — от Петра, Козлов — от Козы, Ныйкин — от Ныйки). Фамилия могла закрепиться за одним родом в конкретной местности, но из-за редкости слова «ныйка» сегодня она почти исчезла.

Есть и менее вероятная версия: связь с диалектным «ныкать» — прятать, таить. Тогда Ныйка — человек скрытный, уклончивый. Однако первая гипотеза логичнее: прозвища по характеру и поведению давали чаще, чем по действиям, которые не бросались в глаза.

Сословной привязки у фамилии нет. Ныйкины могли быть и крестьянами, и мещанами — прозвище не указывает на социальный статус. В дореволюционных переписях фамилия, вероятно, фиксировалась в северных или центральных губерниях, где сохранялись диалектные слова. Сегодня она редка, и её носители — скорее всего, потомки одного локального рода.