Фамилия Обиджонова — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а восточное двусоставное имя Обиджон. Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: к основе добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Мужской вариант — Обиджонов. Такая модель типична для народов Средней Азии, которые входили в состав Российской империи и СССР: таджиков, узбеков, отчасти азербайджанцев. Фамилию давали по отцу, чьё имя было Обиджон.

Само имя Обиджон — составное. Первая часть, Оби-, восходит к арабскому «абу» (отец) или к персидскому «об» (вода). Вторая часть — Джон — распространённый в таджикском и узбекском языках компонент, означающий «душа», «жизнь», «дорогой». В быту имена с «джон» — ласковые, уважительные. Таким образом, Обиджон можно перевести как «отец души» или «дорогой, как вода» (вода в засушливых регионах — символ жизни). Встречается и версия, что Оби — сокращение от арабского «абд» (раб, слуга), и тогда имя означает «раб Живого» (один из эпитетов Аллаха), но это менее вероятно для фамилии, распространённой в светской среде.

С точки зрения географии, фамилия Обиджонова почти не встречается за пределами Средней Азии. Наибольшая концентрация — в Таджикистане, особенно в Согдийской области, и среди таджикской диаспоры в Узбекистане. В России носители фамилии — почти всегда потомки мигрантов из этих регионов. Сословной истории у фамилии нет: она не дворянская, не купеческая, а народная, возникшая в XIX–XX веках, когда у местного населения стали массово фиксировать фамилии по отцу.

Примечательно, что фамилия сохранила не только восточный корень, но и женскую форму, которая в русском языке обязательна для женщин, хотя в таджикской и узбекской традиции пол в фамилии не различают. Поэтому носительница фамилии Обиджонова, скорее всего, женщина, а мужчина — Обиджонов. Встречаются единичные случаи, когда фамилию пишут через дефис или с ошибкой (Обиджанова), но исходное имя именно с буквой «о» во втором слоге.