Фамилия Охалин — редкий случай, когда на первый взгляд очевидная основа может ввести в заблуждение. Сразу напрашивается связь с глаголом «охать» (стонать, вздыхать) или междометием «ох», но в русской ономастике такое прямое происхождение — скорее исключение. Гораздо чаще фамилии на -ин образовывались от личных имён или прозвищ, а не от звукоподражаний.

Наиболее правдоподобная версия выводит Охалина из канонического имени Охала. Это краткая, народная форма крестильного имени Ахаз (древнееврейского происхождения, означающего «владеющий» или «схвативший»). В русских говорах звук «а» в начале слова часто переходил в «о» под влиянием аканья или простонародного произношения, так Ахаз превращался в Охаз, а затем через уменьшительно-ласкательный суффикс -ал- появилось имя Охало, от которого и пошла фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Охалин, то есть сын или потомок Охала.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с прозвищем Охала. В диалектах русского севера и Сибири словом «охала» могли называть не просто любителя «поохать», а скорее человека медлительного, вялого или того, кто часто жалуется на жизнь. Однако, в отличие от имени, такое прозвище было бы скорее насмешливым, и фамилии от него образовывались реже.

Географически фамилия Охалин тяготеет к центральным и северным областям России, встречается в Кировской, Вологодской, Архангельской областях, а также в Пермском крае. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от имени: в этих регионах старообрядческие и крестьянские общины дольше сохраняли архаичные формы имён. Фамилия не относится к дворянским или купеческим, а значит, её носители в большинстве своём были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по отцу — Охалу.

Любопытно, что фамилия Охалин не имеет однозначных «двойников» с другим суффиксом (вроде Охалов или Охальский), что говорит о её локальном и единичном происхождении — скорее всего, от одного конкретного человека, носившего имя Охала, чьи потомки и разнесли фамилию по разным губерниям.