Фамилия Онежена — редчайший случай в русской ономастике. Её основа, суффикс и история написания сразу выдают нетипичное происхождение. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, здесь мы видим суффикс -ен-, который в фамилиях почти не встречается. Это сразу наводит на мысль, что перед нами не исконно русская фамилия, а переосмысленная форма, скорее всего, из другого языка.

Самая вероятная версия — фамилия образована от гидронима Онега, то есть от названия реки и озера на севере России. Но как именно? Если бы фамилия произошла от прозвища «онежанин» (житель берегов Онеги), то в русском языке она получила бы суффикс -ов или -ин: Онежанинов или Онежин. Форма Онежена выглядит как застывшая краткая форма прилагательного или даже как вариант фамилии, записанной на слух в приказной избе. Возможно, предок носил прозвище Онежена — так могли называть человека, пришлого с Онеги, или того, кто торговал онежской рыбой. В говорах суффикс -ен- иногда заменял стандартные фамильные суффиксы, но это исключительная редкость.

Другая версия, более экзотическая, — фамилия могла быть искусственно изменена в XIX веке. Например, в духовных училищах или семинариях ученикам нередко давали «красивые» фамилии по названиям рек и озер. Онегин — фамилия известная, но Онежена — её редкий вариант, который мог возникнуть как полуфамилия-полупрозвище: «Онежена» — тот, кто с Онеги. В таком случае суффикс -ен- указывает не на принадлежность, а на происхождение, подобно тому как в украинских фамилиях есть суффикс -енко.

Географически фамилия Онежена — локальный феномен. Она почти не встречается за пределами Архангельской области и Карелии. В метрических книгах XIX века единичные записи этой фамилии фиксируются именно в Поморье. Социальный состав носителей — крестьяне и мещане, никакого дворянства. Это подтверждает бытовое, а не книжное происхождение: фамилия закрепилась в среде, где прозвища по месту жительства были нормой. Если ваш предок носил фамилию Онежена, с высокой долей вероятности он был уроженцем побережья Онежского озера или низовий реки Онеги, а сама фамилия — редкий памятник северной диалектной ономастики, сохранивший нестандартную модель словообразования.