Фамилия Онтобоев образована от прозвища Онтобой. Оно ведет свое начало от двух киргизских слов: «онто» - «стонать, покряхтывать» и «бой» - «миниатюрный, изящный». Вероятно, прозвище содержало указание как на черты характера (склонный к жалобам, плаксивый, чувствительный, эмоциональный), так и на особенности внешности основателя фамилии (грациозный, красивый). Согласно другой гипотезе, фамилия Онтобоев восходит к топониму Онтоба — муниципалитет в Испании, входит в провинцию Гвадалахара, в составе автономного сообщества Кастилия — Ла-Манча. Не исключено, что предок Онтобоевых родился или долгое время жил в этом населенном пункте.