Фамилия Онтоева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, которые образованы от крестильных имён (Иванов, Петров), основа «Онто-» не лежит на поверхности. Чтобы понять её смысл, нужно отбросить суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «чей?» — Онтоев) и посмотреть на корень.

Самая вероятная версия — фамилия происходит от канонического имени Антоний в его народной, усечённой форме. В русских говорах имя Антон нередко произносили как «Онтон» (с «о» вместо «а» под влиянием аканья или диалектной традиции). Отсюда пошли фамилии Онтонов, Онтошин, Онтонцев. Онтоев — вариант, где от имени «Онто» (краткая форма от Онтон) добавили фамильный суффикс -ев. То есть Онтоев — буквально «сын Онто», где Онто — это домашнее, обиходное имя для Антона.

Есть и альтернативная, но менее распространённая гипотеза: связь с тюркским корнем «онто» (десять, десяток) или с калмыцким «онто» (одинокий, отдельный). Однако в таком случае фамилия была бы более типична для регионов Поволжья или Приуралья, тогда как Онтоевы встречаются в основном в центральной России и на Севере, что поддерживает версию с православным именем.

Фамилия не относится к дворянским или старинным аристократическим родам — скорее всего, её носители были крестьянами или посадскими людьми, чьих предков в документах записывали по отцу: «Ивашко Онтоев сын». Примечательно, что суффикс -ев, а не -ов, указывает на мягкую основу (имя Онто заканчивалось на -о, но в склонении давало «Онтев»? Нет: по правилам, от основ на -о, -е фамилии пишутся через -ев, как Борисов — от Борис, но Онтоев — от Онто, где конечный гласный «о» перешёл в «е» под влиянием суффикса. Это довольно редкая модель, не путать с Онтоновым). Сегодня фамилия встречается редко, что делает её особенно ценной для тех, кто хочет проследить именно свою ветвь, а не сливаться с массой однофамильцев.