Фамилия Онученков — редкий случай, когда прозвище или профессия спрятаны не в корне, а в суффиксе, и это сразу бросается в глаза. Основа здесь — Онуч(а), а вот -енк- и -ов- работают в связке. Суффикс -енк- в русских фамилиях чаще всего указывает на происхождение от украинского или белорусского имени или прозвища (Онученко — буквально «сын Онуча»), а добавленный сверху русский суффикс -ов превращает фамилию в типично русскую по форме, но с южным корнем. То есть Онученков — это русифицированный вариант фамилии Онученко, возникший при переезде носителя в великорусские земли или при записи в документах.

Корень «онуч(а)» напрямую отсылает к слову «онуча» — длинная полоса ткани, портянка, которой обматывали ногу перед тем, как надеть лапоть. В старину онучи были каждодневной, самой простой частью крестьянской одежды. Прозвище Онуча могли дать человеку неопрятному, неряшливому, который плохо заматывал портянки, или же, наоборот, тому, кто постоянно возился с этой обувью — например, сапожнику или лапотнику. Есть и другая, менее бытовая версия: в некоторых говорах «онуча» означала не только портянку, но и ленивого, вялого человека — в этом случае прозвище несло скорее укоризненный оттенок.

По сословной принадлежности Онученковы, скорее всего, вышли из крестьян или ремесленников центральных и южных губерний России. Фамилия не дворянская, не купеческая — слишком прозрачная связь с грубой деревенской утварью. Географически корни стоит искать на стыке русских и украинских территорий: Курская, Воронежская, Орловская губернии, а также Слобожанщина. Там фамилии с суффиксом -енко были массовыми, а последующее прибавление -ов — типичный способ адаптации под русскую паспортную систему XIX века.

В написании фамилия устойчива: двойное «н» в суффиксе — не ошибка, а норма, так как основа оканчивается на -ч, и суффикс -енк- требует именно такого удвоения. Встречается вариант Онученков без второго «н»? Теоретически возможно, но крайне редко: в документах XIX века писарь мог упростить, но в современном бытовании закрепилась полная форма. Что касается ударения — оно почти всегда падает на второй слог: Ону́ченков, хотя в некоторых говорах могли ставить на последний: Онученко́в, под влиянием исходной украинской модели.