Фамилия Онученко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, один из самых распространенных в украинской ономастике, изначально означал «маленький», «сын» или «потомок» (как -ович/-евич в русских фамилиях). Со временем он утратил прямое значение родства и стал просто фамильным показателем. Таким образом, Онученко — это «сын Онука» или «потомок Онука».

В основе фамилии лежит прозвище или, что более вероятно, личное имя Онук. В прошлом у восточных славян было распространено нецерковное имя Онук (или Онучка), которое давали ребенку, чтобы подчеркнуть его связь с дедом или бабушкой. Так могли назвать мальчика, который родился, когда дедушка уже состарился, или того, кто остался на попечении старшего поколения. В русских говорах слово «онук» — диалектный вариант «внук», и фамилия Онученко имеет прямую параллель с русскими фамилиями Внуков или Внучкин, только с украинским окончанием.

Менее вероятная, но встречающаяся в источниках версия связывает фамилию с древним славянским именем Онук, которое могло быть сокращением от полного имени вроде Онуфрий. В этом случае суффикс -енко присоединился к основе Онук-, а не к полному имени. Однако в украинской традиции именно прозвищная модель «от родственной связи» встречается чаще — достаточно вспомнить фамилии Братенко, Дяденко или Сестренко.

Фамилия Онученко распространена преимущественно на территории Украины, особенно в центральных и восточных областях, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Сибири. Встречаются и варианты написания — Онущенко, где произошла замена «к» на «щ» под влиянием местных говоров. Носители фамилии могли быть потомками казаков, крестьян или мещан — суффикс -енко не указывает на конкретное сословие, он был универсален для всех слоев украинского общества.