Фамилия Пааконен — один из ярких примеров фамилий, образованных по карело-финской модели. Её основа — личное имя Пааво, которое является местной формой христианского имени Павел (от лат. paulus — «малый», «небольшой»). В карельском и финском языках имя Пааво — такое же привычное сокращение, как в русском Паша от Павел. Суффикс -нен в прибалтийско-финской ономастике выполняет роль, схожую с русским -ов: он указывает на принадлежность. Буквально Пааконен означает «сын (или потомок) Пааво», «из рода Пааво».

Редкость фамилии в том, что она сохранила двойное «а» в корне. Это не опечатка, а следствие карельского произношения: в некоторых диалектах имя Пааво произносили с долгим гласным, и на письме это закрепилось. Сравните с более частыми вариантами Павонен или Павола — Пааконен стоит особняком, указывая на конкретный говор предков.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Карелия, Ленинградская область, а также к восточным районам Финляндии, где исторически жили православные карелы. В XIX — начале XX века носители фамилии Пааконен часто были крестьянами-землепашцами или лесорубами. В метрических книгалах можно встретить записи о «карелах Пааконен» из деревень Олонецкой губернии — это указывает на то, что фамилия бытовала в среде православных карелов, а не лютеранских финнов.

В русском контексте фамилия Пааконен не склоняется, если принадлежит мужчине, и не склоняется, если принадлежит женщине — это типичное поведение для финно-угорских фамилий на согласный. Встречается написание с одной «а» — Павконен, но это уже результат упрощения при записи русскими чиновниками.