Фамилия Пабаруева звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её основа — не славянская, а, скорее всего, западно- или южнобалтийская, с возможным литовским, латышским или польским следом. В русском языке фамилия закрепилась через суффикс -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или -й, что типично для адаптации иноязычных прозвищ.

Корень «Пабару-» можно разложить на две части. Первая, «па-», в балтийских языках часто является приставкой, указывающей на направление или завершённость действия. Вторая часть, «-бару-», скорее всего, восходит к литовскому «baras» (ссора, брань) или глаголу «bartis» (ругаться, браниться). Таким образом, прозвище Пабарус (мужская форма, от которой образована фамилия) могло означать «забияка», «скандалист» или «тот, кто любит поругаться». В польском языке есть схожее слово «barwa» (цвет), но для прозвища это менее вероятно, так как приставка «pa-» в польском встречается реже в таком значении.

Другая, более редкая версия — происхождение от названия балтийского топонима. В Литве и Латвии есть небольшие хутора и местечки с корнем «Bar-» (например, Барай, Баручяй). Приставка «Pa-» в балтийской топонимике означает «при», «у» (сравните с литовскими названиями Паланга, Паневежис). Тогда Пабаруева — это «та, что родом из-под Бар» или «живущая у Бар». Однако фамилии от названий мест обычно образовывались с суффиксом -ский/-цкий, а здесь мы видим -ев, что склоняет к версии о личном прозвище.

Суффикс -ев, а не -ов, указывает, что основа исходного прозвища заканчивалась на мягкий согласный или йот: Пабарусь, Пабаруй или Пабаруш. В русских говорах, особенно на северо-западе, такие мягкие окончания часто сохранялись при заимствовании. Поэтому географически фамилия могла закрепиться в регионах, граничащих с бывшими балтийскими землями — в Псковской, Смоленской, Тверской губерниях, а также среди переселенцев в Сибирь.

Встречаются варианты написания: Пабаруева, реже Пабаруева (с ударением на второй слог) и даже Побаруева — это следы диалектного произношения или ошибок писцов. Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий она не фигурирует, что подтверждает её локальное, возможно, даже родовое происхождение от одного конкретного прозвища. Носительница этой фамилии, скорее всего, потомок человека, который в XVI–XVII веках получил прозвище за свой неуживчивый характер или, что реже, за место жительства на литовско-русском пограничье.