Фамилия Паданина — женская форма, а мужская, соответственно, Паданин. Принадлежит она к самому распространённому в России типу фамилий на -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Паданин», то есть сын Падани. Вопрос, таким образом, упирается в прозвище или имя Паданя.

Самая правдоподобная версия связывает основу с глаголом «падать». В старых русских говорах «падань» или «паданя» могли называть человека неповоротливого, неуклюжего, того, кто часто оступается и падает. Это не обязательно было обидным прозвищем — в деревне меткое слово часто становилось фамильным именем, закрепляя за человеком какую-то заметную бытовую черту. Менее вероятно, но допустимо, что Паданей звали ребёнка, родившегося «на паданье» — то есть в голодный, неурожайный год, когда люди «падали с ног» от слабости.

Вторая версия отталкивается от диалектного слова «падань» — так в некоторых областях называли падаль, дохлятину. Прозвище могли дать живодёру, кожевнику или тому, кто занимался утилизацией павших животных. Занятие малопочтенное, но в крестьянском быту необходимое, и фамилии от таких ремёсел — не редкость (сравните Кожемякин, Скорняков, Мясников).

Интересно, что фамилия Паданин встречается заметно реже, чем её «двойник» с другим суффиксом — Паданов. Разница в окончании (-ов вместо -ин) часто указывает на разное происхождение носителей: Падановы могли пойти от полной формы прозвища Падан, а Паданины — от уменьшительной Паданя. Искать корни фамилии стоит прежде всего в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ин особенно характерны для крестьянского сословия.