Фамилия Паеневин — редкая и неочевидная по своему происхождению. В ней сразу бросается в глаза суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к отцу или матери: чей? — Паеневин. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Паеня или Паена.

Самое правдоподобное объяснение основы — диалектное или просторечное имя Паеня. Оно могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Ипатий (разговорный вариант — Ипат). В русских говорах имя Ипат нередко сокращали до Патя, а оттуда до Паеня — через вставной звук «е» для удобства произношения. Такой путь словообразования встречается: например, от Гавриил — Гавря, а от Ипат — Патя, Паеня. Фамилия Паеневин тогда означает «сын Паени» или «потомок Паени».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Паеня от глагола «паять» — так могли назвать искусного мастера по металлу, лудильщика или жестянщика. Однако прозвищная модель «паяльщик» обычно давала фамилии на -ев или -ов (Паяев, Паяльщиков), а суффикс -ин чаще прикреплялся к личным именам, оканчивающимся на -а/-я. Поэтому версия с именем Ипатий выглядит надёжнее.

В написании фамилии обращает на себя внимание необычное сочетание «ее» в середине. Это не опечатка, а следствие живого произношения: в говорах имя Паеня произносили с отчётливым «е» между двумя гласными. На письме это закрепилось как Паеневин, а не, скажем, Панин или Паенев. Фамилия встречается крайне редко, в основном в центральных и северных областях России, где крестильное имя Ипатий было более употребительно.

Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилия образована по простой патронимической модели, без дворянских суффиксов (-ский), что указывает на непривилегированное происхождение предков.