Фамилия Пагасян — типичный пример армянской фамилии, образованной по самой распространённой модели: с помощью суффикса -ян. Этот суффикс, восходящий к древнему -янц, указывал на принадлежность к роду или происхождение из определённой местности («из дома такого-то»). В русской записи фамилии, как правило, теряют конечную букву «ц», поэтому Пагасян — это прямой вариант формы Пагасянц, который встречается в диаспоре и в исторических документах.

Основа фамилии — личное имя Пагас. В армянском ономастиконе это имя не относится к самым распространённым, но имеет прозрачную этимологию. Скорее всего, оно связано с армянским словом «паг» (պագ) — «целовать, лобызать». Имя Пагас в старину могло быть уменьшительно-ласкательным прозвищем, которое давали ребёнку, — что-то вроде «целованный» или «ласковый». В некоторых говорах «паг» также означало «почтительный», «уважительный», что тоже могло стать основой для прозвища, перешедшего в имя.

Географически фамилия Пагасян чаще всего встречается в Западной Армении (историческая область, ныне входящая в состав Турции), а также среди потомков выходцев из городов Ван и Муш. Это косвенно указывает на то, что носители фамилии могли принадлежать к западному диалекту армянского языка, где форма имени Пагас была более употребительна. В современной Армении фамилия распространена, но не является массовой.

Социальный состав первых носителей установить сложно, но суффикс -ян не даёт сословной подсказки: его носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Армянские фамилии на -ян не были привилегией знати, в отличие от, скажем, русских фамилий на -ский. Потому предки Пагасянов могли быть кем угодно — от земледельца до торговца. Единственное, что можно утверждать с уверенностью: фамилия древняя, её корни уходят в эпоху, когда армяне ещё не имели наследственных фамилий, а пользовались отчествами и прозвищами, которые позже закрепились за родом.