Фамилия Пагнин — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. Чтобы понять её происхождение, нужно отвлечься от привычной модели «имя-основа + суффикс -ин». Фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я (типа Пушкин, Ильин). Пагнин же заканчивается на -ин, но основа здесь — Пагн-, что не похоже на славянское имя или прозвище.

Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая на стыке культур. Первая и самая правдоподобная версия — итальянское происхождение. В Италии существует фамилия Paganini (Паганини), известная благодаря скрипачу Никколо Паганини. В русской среде итальянские фамилии часто адаптировали, отбрасывая окончание -и: Паганини превращался в Паганин, а при небрежном произношении или записи — в Пагнин. Такая русификация была типична для иностранцев, осевших в России в XVIII–XIX веках: архитекторов, музыкантов, ремесленников.

Другая версия, менее вероятная, но не исключённая, — происхождение от тюркского или кавказского корня. В некоторых языках «паг» или «пах» может означать «чистый», «светлый» или быть частью имени. Однако суффикс -ин в таком случае — это уже русское оформление, то есть фамилию дали на русской почве по отчеству от прозвища Пагна. Но такого прозвища в известных словарях (например, у Веселовского или Унбегауна) не зафиксировано.

География фамилии подтверждает итальянский след. Пагнины встречаются в основном в южных регионах России и на Северном Кавказе, где в XIX веке селились итальянские мастера и торговцы. В центральных областях она практически не известна.

Таким образом, фамилия Пагнин — это, вероятно, русифицированный вариант итальянской фамилии Паганини. Предок носителя мог быть музыкантом, строителем или купцом, приехавшим из Италии, чью фамилию сократили до привычного русского уха окончания.