Фамилия Пагнуев — редкая и неочевидная по корню. Её основу стоит искать не в литературном русском языке, а в диалектах или заимствованиях. Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на притяжательное значение («чей?» — Пагнуев), то есть предка звали Пагнуй.

Самая правдоподобная версия выводит прозвище Пагнуй из глагола «пагнуть», который в северных и сибирских говорах означал «сгибать, гнуть, наклонять». Пагнуем могли назвать сутулого человека, того, кто постоянно кланялся, или, в переносном смысле, сговорчивого, уступчивого. Диалектное «пагнуть» — вариант общерусского «погнуть» с акающим произношением, что хорошо вписывается в фонетику северных и среднерусских говоров.

Менее вероятна, но возможна связь с финно-угорским субстратом. В языках коми и удмуртском есть корень «паг» со значением «нога» или «лапа», но образование от него прозвища, которое потом фамилизовалось с русским суффиксом, — гипотеза спорная, так как такие модели редки и не имеют массового подтверждения. Если и рассматривать этот след, то только как единичный случай на территории бытования этих языков.

По географии фамилия Пагнуев встречается точечно, преимущественно на севере европейской части России — в Архангельской, Вологодской областях и в Карелии. Это косвенно подтверждает диалектную версию: именно в этих краях «пагнуть» было в ходу. Суффикс -ев, а не -ов, указывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный или йот, что и дало форму Пагнуй.

Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским. Фамилия не звучит как дворянская или духовная — в этих средах предпочитали более книжные формы. Пагнуев — прозвищная фамилия, закрепившаяся за родом в XVI–XVII веках, когда формировалась основная масса русских фамилий на -ов/-ев.