Фамилия Пагнуева — редкий случай, когда географический след виден почти без оговорок. Основа здесь не от имени и не от ремесла, а от названия села или реки, и таких фамилий в русском ономастиконе немного.

Корень «Пагн-» с большой вероятностью восходит к гидрониму Пагна — реке в Костромской области, левому притоку Ветлуги. На этой реке стоит деревня Пагна (бывшая Пагново). Жителей такой местности в документах XVI–XVII веков могли записывать как «Пагновец», «Пагнуев» — по селу, откуда человек вышел. Суффикс «-ев» указывает на притяжательную модель: «чей?» — «Пагнуев», то есть сын или потомок Пагнуя. Но сам Пагнуй — не имя, а прозвище, образованное от того же топонима: так называли пришлого из Пагны.

Менее вероятная, но допустимая версия — отчество от неканонического имени Пагна. В древнерусских говорах «пагна» могло означать «пагуба», «напасть» (от общеславянского «пагнети» — давить, угнетать). Такое имя-оберег давали, чтобы отвести беду: считалось, что злые силы не тронут того, кого уже назвали «плохим». Однако эта гипотеза слабее топонимической: имя Пагна не встречается в известных святцах и берестяных грамотах, тогда как река Пагна существует на карте.

Суффикс «-ев» при основе на мягкий согласный (Пагн- + -ев) — стандартная русская модель, типичная для северных и поволжских говоров. Фамилия Пагнуева — женская форма, образованная по тому же принципу, что и мужская Пагнуев.

Носители фамилии исторически концентрируются в Костромской и соседних областях — Нижегородской, Вологодской. Это логично: именно там протекает Пагна. В дореволюционных переписях Пагнуевы встречаются среди государственных крестьян — не дворяне и не купцы, а земледельцы или лесные промысловики.

Разбор редкой фамилии вроде Пагнуева — хороший пример того, как русская фамилия может хранить имя исчезнувшего или малолюдного села, которое не найти в современных атласах, но которое когда-то определяло, откуда родом человек.