Фамилия Пануев — одна из тех, где внешняя простота скрывает неочевидное происхождение. На первый взгляд она напоминает отчества на -ев от имени или прозвища Пануй, но в русской антропонимии такого канонического имени нет. Скорее всего, в основе лежит прозвище, образованное от глагола «пановать» или существительного «пан» — так в южных и западных областях России называли помещика, барина, хозяина. Прозвище Пануй могли дать человеку, который держался важно, любил командовать или, наоборот, работал у пана и получил ироничное прозвище «пануй» — «панующий», «господствующий».

Возможна и более редкая версия: связь с диалектным словом «пануха» — так в некоторых говорах называли хлеб, каравай, а «пануй» могло быть прозвищем пекаря или человека, который любил поесть. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Пануев — сын Пануя. Эта модель типична для фамилий, возникших в XVI–XVII веках в среде служилых людей и крестьянства.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где слово «пан» было в ходу. Встречается в документах XIX века среди крестьян Курской, Воронежской губерний, а также у казаков. Написание с ударением на второй слог — Пану́ев — более характерно для украинского произношения, тогда как в русском языке ударение могло смещаться на первый слог: Па́нуев. Спорных версий, вроде связи с финно-угорскими корнями, нет — фамилия очевидно славянская по структуре и лексике.

Таким образом, предки носителя фамилии Пануев с высокой вероятностью были крестьянами или казаками, получившими прозвище за манеру поведения или род занятий, связанный с хлебом. Фамилия не древняя, но и не редкая — её можно встретить в сёлах и городах черноземья и Приднепровья.