Фамилия Пагудина — женская форма мужской фамилии Пагудин. Основа у обеих одна, и разбирать её стоит именно через мужской вариант: отчество или прозвище Пагуда, к которому добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин.

Ключ к фамилии — слово «пагуда». В русских говорах у него несколько значений, и все они нелестные. В словаре Даля «пагуда» — это порча, вред, убыток, а также беда или напасть. В переносном смысле так могли назвать человека, который приносит несчастья, «бедового», или просто неудачника, на которого всё валится. Встречается и более конкретное значение: пагуда — это сглаз, порча, насылаемая колдуном. В северных и сибирских говорах слово бытовало в значении «проказник», «озорник» — то есть человек, который «пакостит», но не со зла, а шалости ради.

Таким образом, прозвище Пагуда мог получить либо человек суеверный, которого считали «порченым» или приносящим беду, либо, наоборот, активный проказник. Второй вариант вероятнее: в крестьянской среде такие прозвища давали скорее за поведение, чем за мистику. Фамилия образована по простой модели: Пагуда + -ин = «чей?» Пагудин, то есть сын или потомок Пагуды.

Интересная деталь: фамилия эта редкая и имеет яркую региональную привязку. По данным современных исследований, большинство носителей фамилии Пагудины живут в Пермском крае и Кировской области. Это указывает на то, что прозвище бытовало именно в севернорусских говорах, где слово «пагуда» было в ходу. В центральных и южных областях России фамилия почти не встречается.

В написании фамилии возможна путаница с похожей фамилией Пагодин, образованной от прозвища Погода (оно, наоборот, могло означать удачливого или «подходящего» человека). Но у Пагудиных корень другой: не «погода», а «пагуда» — с ударением на второй слог и явным негативным оттенком.