Фамилия Пакелиани — один из тех случаев, когда географическое происхождение говорит больше, чем анализ корня. Это грузинская фамилия, и её структура типична для западно-грузинского ареала, особенно для региона Рача и Лечхуми. Суффикс -иани (в русской передаче часто -иани, реже -ани) указывает на принадлежность к роду или местности. В грузинской ономастике такие фамилии обычно означают «из такого-то села» или «потомок такого-то человека».

Основа «Пакел» (ფაქელი) не является распространённым грузинским именем или словом в современном языке. Скорее всего, это либо древнее, вышедшее из употребления личное имя, либо прозвище, либо топоним. Есть версия, что корень восходит к тюркскому или персидскому слову «пак» — чистый, святой, но это предположение остаётся гипотезой: суффикс -иани в Грузии редко присоединялся к заимствованиям напрямую, обычно они проходили стадию адаптации через имя.

Если отталкиваться от реалий, носители фамилии Пакелиани исторически сосредоточены в горной Раче — регионе, известном суровым бытом, скотоводством и виноделием. Фамилия могла возникнуть как указание на выходцев из села Пакели (если такой топоним существовал) или на родоначальника по прозвищу Пакела. В грузинских фамилиях на -иани часто закреплялось не ремесло, а именно место жительства или родовое имя, поэтому предки Пакелиани, вероятно, были свободными крестьянами или мелкопоместными дворянами (азнаурами) в этой горной местности.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия прозрачна: корень Пакел- плюс суффикс принадлежности -иани. В русском языке фамилия сохранила оригинальное ударение — на последний слог: Пакелиа́ни. Путать с похожими по звучанию фамилиями (вроде Пакеев или Пакилев) не стоит — это совсем другая, славянская традиция. Пакелиани — чисто грузинская фамилия, и её носители почти наверняка имеют корни в западной Грузии.