Фамилия Пахнутов ведет свое начало от личного имени предка. Фамилия Пахнутов образована от имени Пахнут – варианта мужского крестильного имени Пафнутий, которое в переводе с египетского языка означает «принадлежащий богу». Известным обладателем этого имени является Пафнутий Боровский — преподобный. Он был внуком татарина-баскака, принявшего христианство. Пафнутий отличался милосердием к бедным и сострадательностью ко всем скорбящим. В 1540 году он был причислен к лику святых. Пафнутий основал в Боровске монастырь. Чередование звуков «ф»/«х» в основе фамилии может быть обусловлено разницей в диалектном произношении, а также неточностями, ошибками при регистрации фамилии. Фамилия Пахнутова встречается в различных исторических источниках. Так, в документах начала XX века упоминается Пахнутова Ольга Васильевна (родилась в 1903 году в г. Лодейное Поле Ленинградской области, русская). Безусловно, фамилия Пахнутов представляет собой замечательный памятник славянской культуры. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Пахнутов можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований.