Фамилия Пахнутова — это яркий пример того, как народная речь перекраивает книжное церковное имя. В её основе лежит просторечная форма Пахнут, которая возникла от крестильного имени Пафнутий. Само имя имеет древнеегипетские корни и переводится как «принадлежащий богу» — в коптской традиции так называли человека, посвящённого высшим силам. Церковь прославила это имя благодаря преподобному Пафнутию Боровскому, внуку татарина-баскака, принявшего крещение. Игумен, прославившийся милосердием к бедным и состраданием к скорбящим, основал в Боровске монастырь, а в 1540 году его причислили к лику святых.

Звуковой сдвиг «ф» на «х» в основе фамилии не случаен. В северорусских говорах, где фрикативный звук «ф» часто заменяли на «хв» или «х», имя Пафнутий естественным образом превращалось в Пахнутий. К этому добавлялись и ошибки писарей при переписи: в начале XX века в метрических книгах фиксировали и вариант Пахнутова. Например, в документах упоминается Пахнутова Ольга Васильевна, родившаяся в 1903 году в городе Лодейное Поле Ленинградской области — этот регион как раз находится в зоне бытования северного наречия, где подобные фонетические замены были нормой.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Пахнут добавили суффикс -ов и окончание -а, что указывает на принадлежность к роду человека по имени Пахнут. Такой способ словообразования типичен для крестьянских и мещанских фамилий центральной и северной России, где отчество часто переходило в фамилию без изменений. Показательно, что фамилия сохранила именно народный, «обкатанный» вариант имени, а не книжный — это говорит о том, что предки носительницы фамилии были людьми простого звания, для которых устная традиция значила больше, чем церковная письменность.

В отличие от многих фамилий, которые могут иметь по несколько версий происхождения, Пахнутова имеет довольно прозрачную этимологию. Спорным остаётся лишь вопрос, от какого именно имени образована основа — от полного Пафнутий или от его уменьшительной формы. Однако учитывая, что суффикс -ут в русской антропонимии часто использовался для образования обиходных форм (как Михут от Михаил или Якут от Яков), версия о происхождении от Пахнута — краткого разговорного варианта — выглядит наиболее убедительной.