Фамилия Пахнутов звучит простонародно и даже чуть грубовато, но за ней стоит книжное, церковное имя. В основе лежит имя Пахнут — народная, «облегчённая» форма крестильного имени Пафнутий. Так на Руси переделывали непривычное для уха греческое имя: Пафнутий превращался в Пахно, Пахнут, а от него уже пошли фамилии Пахнутов, Пахнов, Пахомов (последняя, правда, чаще связана с другим именем — Пахом).

Имя Пафнутий имеет египетские корни и переводится как «принадлежащий богу». Самый известный носитель — преподобный Пафнутий Боровский, внук татарина-баскака, принявшего крещение. Пафнутий прославился милосердием к бедным, состраданием к скорбящим и основал монастырь в Боровске. В 1540 году его причислили к лику святых. Для крестьян и посадских людей XVII–XVIII веков он был не просто далёким святым, а реальным заступником, поэтому имя охотно давали детям.

Словообразовательная модель простая: к основе Пахнут добавили патронимический суффикс -ов, который указывает на отчество. Первоначально Пахнутов — это «сын Пахнута». Такой тип фамилий массово закрепился в XV–XVII веках, когда крестьянские и посадские семьи обзаводились постоянными родовыми прозваниями.

Любопытно чередование «ф» и «х» в корне. Это не ошибка, а живой диалектный процесс: в некоторых русских говорах звук «ф» был чужим, его заменяли на «х» или «хв». Отсюда же пары Фёдор/Ходор, Филипп/Хилипп. В случае с Пахнутовым эта замена произошла ещё в имени, до образования фамилии, поэтому форма Пахнут — не искажение, а закономерный вариант, который бытовал в народной среде.

Фамилия не слишком распространена, но встречается в документах. Например, в начале XX века упоминается Пахнутова Ольга Васильевна, родившаяся в 1903 году в городе Лодейное Поле Ленинградской области. Это показывает, что фамилия бытовала на севере России, где старообрядческая и крестьянская традиция сохраняла архаичные формы имён дольше, чем в центральных губерниях.

Значение фамилии для современного носителя простое: предок Пахнутовых носил имя Пахнут, а его отец, вероятно, звался Пафнутием. Это фамилия-отчество, которая говорит о религиозности семьи и о том, что предки не принадлежали к дворянскому сословию — у знати такие «простонародные» формы имён не приживались.