Фамилия Пахнющий — редкая, и её разбор не укладывается в привычную схему «отчество от имени или прозвища». В ней нет ни суффикса -ов/-ев, ни -ин, которые образуют большинство русских фамилий. Перед нами причастие или прилагательное в форме именительного падежа мужского рода. Такая модель — отглагольные или определительные прозвища, застывшие в исходной форме — встречается в основном в северных и сибирских говорах, где фамилии на -ий, -ой, -ая (типа Белый, Глухой, Бродячий) фиксировались как постоянные, минуя патронимический суффикс.

Основа — глагол «пахнуть». Прямое значение прозвища Пахнющий — «тот, кто пахнет», «издающий запах». Но в народной речи у этого слова был конкретный, часто ироничный оттенок. Пахнющим могли назвать человека, который работал с чем-то душистым — например, с травами, сеном, смолой, или, наоборот, с резкими запахами: кожевник, смолокур, рыбак, работник на скотном дворе. В некоторых диалектах «пахнуть» означало «веять, дуть» (о ветре), поэтому прозвище могло относиться к человеку, который «дует», «дышит» — скажем, к быстроногому гонцу или говорливому соседу.

Спорных версий здесь немного, и одна из них — связь с диалектным «пахну́ть» (ударить, хлестнуть). Если так, Пахнющий — прозвище драчуна или задиры. Но эта гипотеза слабее: глагол «пахнуть» в значении «издавать запах» гораздо употребительнее, и прозвища по запаху — типичный, хоть и нечастый, пласт русской антропонимии (сравните фамилии Душистый, Вонючий, Смрадный). Вероятнее всего, предок носителя фамилии Пахнющий получил своё прозвище за род занятий, связанный с характерным запахом, или за какую-то внешнюю особенность, которую подметили соседи.

Фамилия не зафиксирована в массовых справочниках, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в одной из северных губерний (Архангельская, Вологодская, Пермская) или в Сибири, куда переселенцы приносили свои говоры. В современной России носители встречаются единично, что делает фамилию Пахнющий почти уникальным случаем сохранения древней прозвищной формы.