Фамилия Пахновский образована по одной из самых распространенных в восточнославянском ономастиконе моделей: от основы (личного имени или прозвища) с помощью суффикса -ский. Этот суффикс в XVI–XIX веках был особенно характерен для шляхетских (дворянских) фамилий на территории Речи Посполитой, а также для духовенства и крестьян, получавших фамилии при переписях. В основе фамилии лежит либо имя Пахом (разговорная форма Пахно), либо прозвище, от него образованное.

Имя Пахом — русская народная форма канонического имени Пахомий (от греческого «пахюс» — толстый, плотный). В быту имя Пахом было очень популярно в XVI–XVII веках, о чем свидетельствуют многочисленные пахомии, пахомки и пахно в писцовых книгах. Соответственно, Пахновский — это тот, кто происходит от Пахна, то есть сын или потомок человека по имени Пахом. Уменьшительная форма Пахно с суффиксом -ов-/-ев- дала бы фамилию Пахнов, а с суффиксом -ский — топонимический оттенок: «выходец из селения, основанного Пахном».

Географически фамилия Пахновский тяготеет к западным и юго-западным регионам бывшей Речи Посполитой — современным Беларуси, Украине и восточной Польше. Там суффикс -ский встречается особенно часто. Встречаются также варианты написания: Пахновский, Пахновски, Пахновский (с ударением на втором или третьем слоге). В России фамилия редкая, но встречается в центральных областях, куда переселялись выходцы из Малороссии и Белоруссии.

Если рассматривать альтернативную версию, то основа могла быть и от прозвища Пахно, связанного с глаголом «пахнуть» (то есть имеющего отношение к запаху). Однако эта гипотеза менее правдоподобна: именная основа (от Пахома) встречается в документах гораздо чаще, чем прозвищная, а суффикс -ский в подавляющем большинстве случаев прикреплялся к личным именам, а не к бытовым прозвищам.

Таким образом, носитель фамилии Пахновский с высокой вероятностью имеет предка по имени Пахом, который жил на территории, где фамилии на -ский давали по названию места жительства или по имени отца. Это не обязательно дворянская фамилия, но она указывает на человека, чей род происходил из шляхетской или крестьянской среды, получившей фамилию в эпоху, когда топонимический суффикс был в ходу.