Фамилия Пахновская образована по продуктивной модели с суффиксом -ск-, который в русских фамилиях чаще всего указывает на географическое происхождение: так называли человека по названию места, откуда он родом. Основа здесь — топоним Пахново или Пахна. Такие названия нередки в России: село Пахново есть, например, в Псковской области, деревни с похожими именами встречаются в Новгородской и Тверской губерниях. Значит, первый носитель фамилии, скорее всего, был выходцем из одного из таких поселений.

Корень Пахн- восходит к личному имени Пахом (разговорная форма Пахоня, Пахня) или же к прозвищу, образованному от диалектного слова. Пахом — древнее каноническое имя греческого происхождения, означавшее «широкоплечий». В народе его сокращали, и от уменьшительных форм (Пахно, Пахня) и пошли прозвища, ставшие основой для фамилий. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «пахнуть» или с диалектным «пахня» — так в некоторых говорах называли запах, дух, но для фамилии это редкий вариант.

Окончание -ская (а не -ский) выдаёт женскую форму фамилии. В русской традиции такие фамилии на -ская/ -цкая были распространены в дворянской и духовной среде, особенно в XIX веке. Однако Пахновская могла возникнуть и как фамилия крестьянской семьи, переселившейся из деревни Пахново в другую местность, где их и прозвали по прежнему месту жительства. В любом случае, это типичная «географическая» фамилия, указывающая на родовое гнездо — деревню или усадьбу с корнем Пахн-.

В отличие от более распространённых Пахомовых и Пахновых, форма Пахновская встречается реже и часто сохраняет связь с конкретной местностью. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит поискать Пахново в писцовых книгах XVI–XVII веков — скорее всего, именно оттуда пошёл род.