Фамилия Пакотис — редкая и, скорее всего, имеет искусственное или книжное происхождение. В русской традиции она не укладывается в стандартные модели: в ней нет типичных суффиксов (-ов, -ин, -ский), а окончание -ис указывает на возможную латинизированную или грецизированную форму. Скорее всего, это фамилия, созданная в семинарской среде, где ученикам нередко давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов, чтобы звучало «благородно» и не по-крестьянски.

Основа «пакот-» может восходить к латинскому pacatus — «умиротворённый, спокойный», или к греческому πακτός (paktos) — «скреплённый, прочный». В обоих случаях суффикс -ис типичен для латинских прилагательных мужского рода (например, felix — счастливый, но в родительном падеже felicis). В семинарской практике такие фамилии часто давали ученикам, отличавшимся кротким нравом или, наоборот, с намёком на «укрепление» в вере.

Другая, менее вероятная версия — связь с литовскими или польскими корнями. В литовском языке есть слово paka — «под», а paktis означает «попадать, оказываться». Однако в этом случае фамилия звучала бы как Пакатис или Пакотис с ударением на второй слог, что нехарактерно для русской семинарской традиции. Географически фамилия Пакотис встречается крайне редко, в основном на западе России и в Беларуси, что может подтверждать её искусственное происхождение: такие фамилии часто давали ученикам духовных училищ, а затем они расходились по приходам.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Пакотис, скорее всего, потомки духовенства или людей, получивших образование в семинарии. В XIX веке это была обычная практика: сын крестьянина или мещанина, поступая в училище, получал новую фамилию, часто звучную и непохожую на деревенские. Если ваш предок был священником или дьячком, фамилия могла закрепиться именно так. О каких-либо известных исторических личностях с этой фамилией данных нет, что только подтверждает её редкость и локальный характер.