Фамилия Паксюткин — редкий пример, где прозвищная основа сочетается с нестандартным суффиксом. Если бы фамилия оканчивалась на -ин, она бы звучала как Паксютин — и это был бы самый ожидаемый вариант. Но здесь мы видим суффикс -к-ин, который в русских фамилиях встречается в два-три раза реже, чем просто -ин. Такая модель часто указывает на то, что исходное слово уже имело уменьшительный суффикс -к(а) или -к(о), и к нему добавили притяжательное окончание. То есть предка звали не Паксюта, а Паксютка.

Корень фамилии — Паксют- — восходит к личному имени или прозвищу. Наиболее вероятная версия: основа происходит от крестильного имени Паксий (Пакс). Это мужское имя греческого происхождения, которое в святцах встречается крайне редко, но на Руси иногда давали в честь малоизвестных святых. В народной речи имя Паксий легко превращалось в Пакся, а уменьшительная форма Паксютка — естественный шаг: суффикс -ют-/-ут- характерен для русских диалектных прозвищ и имён (сравните: Ванютка, Павлютка, Степутка). Таким образом, Паксюткин буквально значит «сын Паксютки», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно от Паксия.

Есть и вторая, менее правдоподобная гипотеза: связь с диалектным словом «пакша» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, медлительного человека или, наоборот, ласково — ребёнка. Переход «пакша → паксютка» фонетически возможен, но сомнителен: суффикс -ют- не характерен для образования прозвищ от нарицательных существительных. Поэтому версия с крестильным именем выглядит убедительнее.

Фамилия явно недворянская и не священническая: суффикс -кин типичен для крестьянской и мещанской среды центральной России, особенно для регионов, где было распространено «оканье» и сохранение полногласия. Судя по структуре, Паксюткины могли жить в Рязанской, Тамбовской или Владимирской губерниях — именно там чаще всего встречаются фамилии на -кин от редких имён. В современной России фамилия остаётся малочисленной; по открытым данным переписей, её носителей не больше нескольких сотен, и основная часть сосредоточена в Нижегородской области и Мордовии.

Написание фамилии устойчиво: с буквой «ю» в корне и с «т» перед суффиксом. Варианты Паксюкин или Паксютов ошибочны — они нарушают ту самую уменьшительную цепочку, которая и делает фамилию уникальной.