Фамилия Панаинтей — один из тех редких случаев, когда русская фамилия образована не от славянского корня, а от греческого слова, и при этом сохранила почти неизменной свою первоначальную форму. В основе лежит греческое прилагательное «панайос» (πανάγιος) — «всесвятой», «пресвятой». Это слово в православной традиции — устойчивый эпитет Богородицы, а также название нагрудной иконы «Панагия», которую носили архиереи.

Модель образования здесь нестандартная. Вместо привычного русского суффикса (-ов, -ин, -ский) фамилия заканчивается на -ей, что для славянских фамилий нехарактерно. Скорее всего, перед нами румынизированная или молдаванизированная форма. В румынском языке фамилии на -ей (например, Попей, Дьяконей) образуются от названий профессий или санов с помощью суффикса принадлежности. Соответственно, Панаинтей — это «сын Панагия» или «принадлежащий Панагию», где «Панагий» — личное имя или прозвище, данное либо церковнослужителю, носившему панагию, либо человеку, родившемуся в праздник Всесвятой.

Географически фамилия тяготеет к зоне исторического влияния греческой и румынской культур — Молдавия, Буковина, юго-запад Украины, отчасти Бессарабия. В России и Белоруссии она почти не встречается. Это косвенно подтверждает, что предки носителя фамилии были либо православными священниками (диаконами или иереями), либо выходцами из греческих или румынских общин, где имя Панагий было употребительно.

Словообразовательная цепочка выглядит так: греческое «панагиос» → имя/прозвище Панагий → румынский патроним Панаинтей → русская фамилия Панаинтей. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Панаинте́й. Фамилия уникальна тем, что в ней слились греческая лексика, румынская модель образования и русская письменная фиксация — редкий пример межъязыкового гибрида, сохранившего память о церковном сане предка.