Фамилия Панаханов — это яркий пример того, как русский суффикс -ов «обрусел» восточное имя. В основе лежит мужское имя Панах, которое восходит к персидскому panāh — «прибежище, защита, убежище». В тюркских языках (особенно в азербайджанском) это имя обросло значением «покровитель, защитник». Таким образом, Панаханов дословно означает «потомок Панаха» или «принадлежащий Панаху».

Словообразовательный ключ здесь — суффикс -ов, самый распространённый в русской фамильной модели. Он указывает на то, что фамилия оформлялась уже на русской почве: предок носителя, скорее всего, был выходцем из мусульманской среды (Закавказье, Иран, народы Кавказа), и его имя или прозвище записали по русскому образцу, добавив отчество-фамилию. Важно, что в исходном тюркском варианте фамилия могла бы звучать как Панахлы или Панахзаде, но на территории Российской империи, при контакте с русской администрацией, она естественным образом получила суффикс -ов.

В отличие от распространённых славянских фамилий, где основа — это прозвище по занятию или внешности, здесь мы видим прямую связь с личным именем. Имя Панах, в свою очередь, нередко давали с пожеланием, чтобы ребёнок стал опорой для семьи или общины. Встречается и вариант написания «Панаханов» с ударением на второй или третий слог, что зависит от местного произношения.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили азербайджанцы, лезгины, таты и другие народы, испытавшие влияние персидской культуры. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия почти не встречается — она, скорее всего, оформилась в конце XIX — начале XX века, когда у мусульманских народов массово закрепляли фамилии по русскому образцу. Среди известных носителей нет широко известных исторических фигур, что типично для фамилий, возникших из личного имени в определённой этнической среде, — они не успели «обрасти» славой, но сохранили чёткую генеалогическую память.