Фамилия Панахнов — редкий случай, когда сложно сразу определить даже основу. На первый взгляд она похожа на типичную русскую фамилию с суффиксом -ов, но корень «Панахн-» не встречается в славянских именах или прозвищах. Всё упирается в ударение: если оно падает на второй слог (Пана́хнов), то перед нами, скорее всего, фамилия тюркского происхождения, адаптированная русским окончанием.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское личное имя или прозвище Панах (или Панак). В азербайджанском и турецком языках слово «pana» означает «прибежище», «защита», «убежище». Имя Панах (вариант — Панаха) известно в Закавказье, например, Панах Али-хан — основатель Карабахского ханства в XVIII веке. В этом случае фамилия Панахнов — это русифицированная форма «Панахов» с вставным «н» перед суффиксом: Панах + -н- + -ов. В русском языке такая вставка встречается при адаптации некоторых иноязычных основ (сравните: Гурген — Гургенов, но иногда Гургеньев). Таким образом, предок носителя фамилии мог быть выходцем из тюркской или кавказской среды, а саму фамилию дали по имени отца — Панаха.

Менее вероятная, но возможная версия — ударение на первый слог (Па́нахнов). Тогда корнем могло бы стать диалектное слово «панах» или «панаха». В некоторых южнорусских говорах так называли небрежного, неряшливого человека или, наоборот, ленивого, «панах» могло быть искажением от «панок» — мелкий помещик. Но эта гипотеза слабая: ни один крупный словарь русских говоров не фиксирует такое слово как общеупотребительное.

География фамилии подтверждает её нерусские корни. Панахновы встречаются в основном на юге России (Краснодарский край, Ростовская область) и в Закавказье, особенно в Азербайджане и среди горских евреев. Последний факт примечателен: у горских евреев распространена фамилия Панахов (без «н»), и Панахнов может быть её вариантом, возникшим при записи в российских паспортных столах. Если так, то исходное значение — «сын Панаха», где Панах — это вариант библейского имени Пинхас (Финеес), адаптированный в тюркской среде.

Суффикс -ов в фамилии не должен сбивать с толку: он не указывает на этническое происхождение носителя, а лишь на то, что фамилия оформлялась на русский манер, скорее всего, в XIX веке, при переписях или воинской службе. Фамилия Панахнов — яркий пример того, как русская морфология «обрусела» восточное имя, сохранив при этом его корни.