Фамилия Панкращенко — один из тех случаев, когда украинская модель словообразования наложилась на греческое по происхождению имя. Основа здесь — каноническое мужское имя Панкратий (в просторечии Панкрат или Панкрашка). В переводе с греческого Πανκράτιος означает «всесильный» или «всемогущий» (от παν — «всё» и κράτος — «сила, власть»). Это имя давали в честь сразу нескольких раннехристианских святых, поэтому в православной среде оно было распространённым, хотя и не таким частым, как Иван или Пётр.

Суффикс -енко — типичный для украинской фамильной системы указатель на сына или потомка. Панкращенко буквально значит «сын Панкрата» (или Панкратия). Интересно, что в основе лежит не полная форма имени, а разговорная уменьшительная — Панкраш(ка). Такая модель встречается и в других украинских фамилиях: Иващенко (от Иваш, Ивашка), Данильченко (от Данилко). Это говорит о бытовом, неофициальном происхождении прозвища: предка звали не Панкратий, а по-домашнему Панкраш.

Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине и югу России. В переписях XIX века Панкращенко чаще всего встречаются в Полтавской, Харьковской и Екатеринославской губерниях. Это зона активного формирования украинских фамилий на -енко, которые вытеснили более ранние прозвища. Социальный состав носителей был преимущественно крестьянским и казачьим — никаких дворянских родов с такой фамилией история не знает.

Есть одна тонкость в произношении и написании. В документах XIX — начала XX века можно встретить варианты Панкрашченко или Панкращенков (с русским суффиксом -ов). Первый вариант — с буквой «шч» — отражает местное произношение, где аффриката «щ» звучала как долгое мягкое «ш». Второй — результат русификации фамилии при переезде в великорусские губернии. Но основной, устоявшийся вариант — Панкращенко, без лишних букв.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Панкращенко стоит в одном ряду с Панкратовым (русская патронимическая модель на -ов) и Панкратьевым (от полной формы имени). Но Панкращенко — самый молодой по времени образования вариант: он возник не раньше XVII века, когда суффикс -енко стал массово вытеснять другие способы обозначения родства.