Фамилия Понкращенко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, которая означает «маленький» или «потомок». В данном случае — «потомок Понкрата». Основа фамилии — Понкрат, народная форма канонического имени Панкратий. Имя Панкратий (от греческого «панкратес» — «всесильный») в русской и украинской традиции часто упрощалось: Панкрат, Понкрат, а в некоторых говорах даже Пократ. Уменьшительно-ласкательные формы от Понкрата — Понкраш, Понкраша — дали начало целому гнезду фамилий: Понкратов, Понкрашин, Понкрашов.

Суффикс -енко типичен для восточной и центральной Украины (Полтавщина, Слобожанщина, Черниговщина) и указывает на формирование фамилии в XVII–XIX веках, когда крестьянские и казацкие роды получали наследственные прозвания по отцу. Понкращенко — не очень частая фамилия, что говорит о локальном происхождении: вероятно, родоначальник был известен в одном селе или хуторе. Встречаются варианты написания с одной «с» (Понкраченко) или с буквой «к» на конце (Понкращенко), но форма с «щ» отражает диалектное произношение: в украинском языке сочетание «т» + «с» (от Понкрат + енко) даёт «тщ» или «ч».

Интересная деталь: имя Панкратий в народе часто ассоциировалось с хлебом и пекарским делом — на Руси существовала поговорка «Панкрат — хлебный карат», а день памяти святого Панкратия (22 июля) считался началом уборки хлебов. Поэтому не исключено, что первый Понкращенко происходил из семьи пекарей или мельников, но это лишь косвенная версия. Прямых ремесленных указаний фамилия не несёт.

Социальный состав носителей фамилии, судя по архивным данным, преимущественно крестьянский и казацкий. Дворянских родов Понкращенко не зафиксировано — фамилия оставалась в простонародной среде. Сегодня она встречается в Украине (особенно в Харьковской и Сумской областях) и в южных регионах России, куда переселялись украинцы в XIX–XX веках.