Фамилия Понкратенко относится к распространенному типу украино-белорусских фамилий и образована от крестильного имени Панкрат. Мужское крестильное имя Панкрат (Панкратий) в переводе с древнегреческого означает «всевластный, всемогущий». Поэтому Понкратенко буквально понималось как «сын Понкрата».