Фамилия Понкратина — женская форма от Понкратин, и её разбор стоит начать с мужского варианта. В основе лежит крестильное имя Панкратий (в просторечии Панкрат, Понкрат), которое восходит к греческому «панкратес» — «вседержитель», «всемогущий». В русских говорах имя часто произносили через «о»: Понкрат, отсюда и фамилии Понкратов, Понкратьев, Понкрашин. Форма Понкратин образована иначе: с суффиксом -ин, а не -ов. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, звался Понкрата — уменьшительное или обиходное от Понкрат. В древнерусской традиции суффикс -ин прибавляли к основам на -а, -я: если отца звали Понкрат (на твёрдый согласный), получался Понкратов; если Понкрата — Понкратин. Такая модель встречается реже, и она говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде, где было принято называть человека по обиходной, «домашней» форме имени.

С географической точки зрения фамилия Понкратин (и Понкратина) не имеет ярко выраженного ареала — она встречается рассеянно, но чаще фиксируется в центральных и северных областях России. Это объясняется тем, что имя Панкратий было популярно в среде крестьян и мещан, особенно в XIX веке, когда многие фамилии ещё только оформлялись. В документах переписей и метрических книгах можно встретить как Панкратовых, так и Понкратиных — разница в написании зависела от местного произношения и грамотности писаря.

Словообразовательная модель фамилии Понкратина — одна из тех, что позволяет предположить: предок носителя был человеком незнатного происхождения. Фамилии на -ин у крестьян и посадских людей часто образовывались от личных имён или прозвищ, в то время как дворянские фамилии тяготели к суффиксу -ов. Впрочем, это не жёсткое правило: в некоторых регионах, особенно на севере, -ин использовали шире. Важно и то, что фамилия не перешла в форму Панкратина — сохранение «о» в корне свидетельствует о живой народной традиции, которая не поддалась книжной норме.

Если сравнивать Понкратину с однокоренными фамилиями, то она стоит ближе к Понкратову, чем к Панкратову, но отличается именно суффиксом. В ономастических справочниках (например, в работах Б. Унбегауна) такие пары разбираются как примеры параллельного словообразования: от полной и краткой форм имени. Фамилия Понкратина — не самая частая, но и не редкая до степени уникума; её носители могут встретить однофамильцев в разных уголках страны, что лишний раз подтверждает широкое бытование имени Понкрат в прошлом.