Фамилия Понкратц — редкий случай, когда русское по сути имя попало в непривычную для славянской ономастики оболочку. В основе лежит каноническое имя Панкратий (от греческого панкратес — «всесильный», «всемогущий»). В русской народной традиции его переделали в Панкрат, сократив и упростив. Отсюда пошли фамилии Панкратов, Панкратьев, Понкратов — они массово встречаются в центральной России и на Севере. Но форма Понкратц стоит особняком.

Ключ к разгадке — суффикс -ц. В русском языке он не используется для образования фамилий от имён. Зато в немецком, польском и чешском суффиксы -tz, -c как раз передают уменьшительность или принадлежность. Фамилия Понкратц — это русифицированное имя Понкрат, записанное немецким или польским писцом. Такое могло произойти в регионах, где долго жили вместе русские и немецкие колонисты: например, на Волыни, в Поволжье (немцы Поволжья) или в Прибалтике. Местный чиновник, привыкший к фамилиям на -tz (Шульц, Гофман), просто приставил это окончание к русскому имени.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии был крестьянином или ремесленником, которого в документах записали как «Понкратц» — то есть «сын Понкрата». Ударение, скорее всего, падает на первый слог: По́нкратц. Встречается и вариант написания через «а» — Панкратц, но он ещё реже. Фамилия не получила массового распространения из-за своей необычной для русского уха конструкции, поэтому сегодня её носителей — единицы, и почти все они живут на западе России или в странах бывшего СССР с историей немецких поселений.