Основой для фамилии послужила его просторечная форма – Панкрат (Понкрат). Чередование гласных а/о произошло под влиянием северных, «окающих» говоров. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Панкратий, со временем получил фамилию Понкратова.