Фамилия Понкратьев произошла от канонического имени Панкратий, а точнее — от его просторечной формы Понкратий. Чередование гласных в корне объясняется влиянием северных, «окающих» говоров, где безударное «а» произносили как «о». Так что в основе фамилии лежит не ошибка писаря, а живая фонетика русских диалектов.

Само имя Панкратий имеет греческие корни и переводится как «всесильный» или «вседержитель» (от слов «пан» — всё и «кратос» — сила). В церковном календаре это имя встречается несколько раз, поэтому оно не было редкостью среди духовенства и крестьян. Однако в быту полная форма приживалась тяжело, и на практике чаще использовали уменьшительные варианты — Панкрат, Понкрат, а от них уже образовывали отчества и фамилии.

Фамилия Понкратьев построена по классической модели русского именования: к основе Понкратий добавили притяжательный суффикс -ев, который указывал на принадлежность. Первоначально Понкратьев означало «сын Понкратия». Такая словообразовательная схема была самой распространённой на Руси в XVI–XVII веках, когда фамилии только начинали закрепляться за крестьянскими и посадскими родами.

Интересно, что однокоренные фамилии Панкратов, Панкратьев и Понкратов часто путают, хотя они фиксируют разные диалектные произношения одного имени. Форма с «о» в первом слоге — Понкратьев — устойчиво ассоциируется с северорусской традицией, тогда как вариант Панкратьев ближе к литературному произношению. В документах XVIII–XIX веков можно встретить обе записи даже в пределах одной семьи, что отражает неустойчивость орфографии того времени.

Носители фамилии встречаются по всей России, но чаще в Поволжье и на Русском Севере — там, где оканье сохранялось дольше всего. Среди известных людей с такой фамилией нет громких исторических фигур, но это типичная русская фамилия, которая несёт память о предке, носившем редкое сегодня, но некогда вполне употребительное имя Понкратий.