Фамилия Понкрачев образована от крестильного имени Понкратий, которое восходит к греческому Панкратий — «всесильный». В народной речи имя упростилось до формы Понкрат, а от неё пошли фамилии Понкратов, Понкратьев и Понкрачев. Последний вариант — с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный (в имени Понкрат конечный т твёрдый, но в разговорной форме Понкрач, где ч — результат чередования, суффикс -ев закономерен). То есть Понкрачев буквально означает «сын Понкрата» или, шире, «потомок Понкратия».

Имя Панкратий было в святцах, но в быту встречалось реже, чем, скажем, Иван или Пётр. Поэтому Понкрачевы — фамилия не самая массовая. В документах XVII–XVIII веков она фиксируется в основном в центральных и южнорусских областях: в рязанских, тамбовских, курских землях. Там крестьян и однодворцев нередко записывали по отчеству в форме Понкрачев, если отца звали Понкратом.

Любопытная деталь: в старых переписях встречается и написание Панкрачев — с буквой а в корне, что ближе к церковному произношению. Форма Понкрачев закрепилась в среде, где имя произносили «на акающий» манер: о вместо а под ударением не менялось, но в безударном слоге аканье дало о (Панкрат → Понкрат). Так фамилия сохранила живой звук народной речи, в отличие от книжного варианта Панкратьев.

Однофамильцев по фамилии Понкрачев среди известных исторических лиц практически нет — это типичная фамилия рядового сословия, без дворянских ветвей. Её носители, скорее всего, были либо крестьянами, либо мелкими служилыми людьми (например, казаками или стрельцами), чьи имена затерялись в писцовых книгах.