Фамилия Паноев — редкий пример, где модель образования неочевидна на первый взгляд. В русских фамилиях суффикс -ев обычно присоединяется к основам на мягкий согласный или на -й, но основа «Пано» выглядит инородно. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а русифицированный вариант фамилии из другого языка.

Наиболее вероятное объяснение лежит в тюркских или кавказских языках. Имя или прозвище «Пано» могло быть уменьшительной формой от имени Пантелеймон (через греческое посредство) в среде народов, испытавших влияние православия. Однако правдоподобнее версия, что основа восходит к тюркскому слову «пан» или «бан» — «господин», «хозяин», «богатый человек». В таком случае Паноев означает «сын (потомок) господина» или «принадлежащий к знатному роду». Встречается также грузинский след: фамилия Паноев может быть русификацией грузинской фамилии Панишвили или Паноели, где корень «пано» означал «хлеб» (в значении «кормилец», «хлебосольный человек»).

Географически фамилия Паноев тяготеет к югу России и Северному Кавказу. В дореволюционных переписях она фиксировалась в Ставропольской губернии и среди терских казаков, что подтверждает её «окраинное» происхождение — через смешение с горскими и тюркскими народами. В центральных русских губерниях фамилия практически не встречалась.

Поскольку фамилия редкая, её носители вряд ли принадлежали к высшему дворянству — скорее, это были казаки, мещане или крестьяне, получившие фамилию по прозвищу предка. Интересная деталь: в некоторых говорах «пано» могло быть прозвищем заносчивого или важного человека — ироничное «господин» для того, кто любил командовать. Эта версия проще и жизненнее, чем поиск знатных корней.