Фамилия Панталан — редкий случай, когда корень не поддаётся однозначной славянской этимологии. Первое, что бросается в глаза: в ней нет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Окончание -ан указывает скорее на южнославянское или румынское влияние, а сама основа может восходить к греческому «панталон» (πανταλών) — так в Византии называли широкие штаны, мешковатые шаровары. В переносном смысле прозвище Панталан могли дать человеку, который носил такую одежду, или, с иронией, тому, кто казался неуклюжим, «мешковатым».

Вероятнее всего, фамилия пришла на русские земли через греческое духовенство или купцов. В XVII–XVIII веках выходцы с Балкан и из Малороссии нередко оседали в южных губерниях — на Кубани, в Таврической и Херсонской губерниях. Там фамилия могла закрепиться без переделки на русский лад, сохранив исходное звучание. В пользу греческого корня говорит и то, что в греческих фамилиях часто встречается ударение на последний слог — Пантала́н.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с итальянским словом pantalano («болтун», «пустомеля»). В комедии дель арте Панталон — персонаж-старик, скупой и ворчливый. Но если бы фамилия пришла из итальянского, она бы скорее имела форму Панталони или Панталонов, а не Панталан. Поэтому греко-балканский путь выглядит убедительнее.

С точки зрения словообразовательной модели, Панталан стоит в ряду фамилий, которые не переосмысливались под русскую морфологию, а вошли в обиход как есть. Это отличает её от, скажем, Панталонова — явно более поздней кальки. В документах XIX века носители фамилии встречаются редко, что подтверждает её локальный характер: основная масса сосредоточена в причерноморских регионах и в среде потомков греческих переселенцев.

Кем могли быть предки? Скорее всего, ремесленниками или мелкими торговцами, связанными с портовыми городами. Прозвище по одежде — не редкость в ономастике, но здесь оно приобрело дополнительный оттенок: не просто «носитель штанов», а человек, чей внешний вид или манера выделялись на фоне местного населения. Со временем прозвище закрепилось как фамилия, и её носители уже не задумывались о первоначальном значении.