Фамилия Паняшкина — один из тех случаев, когда женская форма встречается гораздо чаще мужской, что может говорить о её позднем закреплении в документах или о преобладании женщин среди носителей в определённый период. Мужской вариант — Паняшкин.

Корень здесь — Паняша. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Паня, которое, в свою очередь, является сокращением от полных крестильных имён Пантелеймон (в просторечии Пантелей) или Панкратий. Реже за основу могло быть взято имя Панфил (от греческого «всеми любимый»). В русской деревне такие «усечённые» имена были нормой: Паняша звали мальчика или мужчину, которого в семье или в общине называли ласково, без формальностей.

Суффикс -аш- в основе Паняша типичен для русских прозвищных форм (ср. Гаврюша, Матюша, Ванюша). Он придаёт имени оттенок простонародной ласки. Фамилия образована по самой распространённой модели: к основе Паняш- добавили притяжательный суффикс -ин, который отвечал на вопрос «чей?». Паняшкин — буквально «сын Паняши» или «человек из семьи Паняши». Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность женщине: Паняшкина — дочь, жена или вдова Паняшкина.

Географически фамилия редкая. Её очаги, судя по открытым данным, находятся в центральных и южных областях России — в Воронежской, Ростовской областях, а также в Поволжье. Встречаемость вне этих регионов скорее единичная. Это наводит на мысль, что предки носителей фамилии были не дворянами, а крестьянами или мещанами из тех мест, где имя Пантелеймон было в ходу у простого люда.

Интересно, что фамилия Паняшкин (Паняшкина) стоит в одном ряду с однокоренными Пантелеев, Пантелеевский, Панюшкин, Паньков. Но если Пантелеев напрямую восходит к полному имени, то Паняшкин — к его обиходной, «домашней» форме. Это говорит о том, что фамилию дали не по церковной записи, а по тому, как человека звали в быту. Прозвище Паняша могло закрепиться за родоначальником настолько прочно, что вытеснило официальное имя даже в документах.

Спорных версий у фамилии практически нет. Диалектное слово «паняшка» в значении «баловень, любимец» могло бы стать основой, но это скорее исключение, чем правило: имя Пантелеймон было слишком распространено. Поэтому основная и единственно убедительная версия — происхождение от крестильного имени через уменьшительную форму.