Фамилия Панюдин — один из тех случаев, когда на слух корень кажется очевидным, а на деле скрывает неожиданный поворот. Внешне она похожа на отчества от имени Паня, уменьшительной формы от Пантелеймон или Панкрат. Но суффикс -ин указывает на принадлежность к «материнской» модели: такие фамилии образовывали от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Однако если бы основой было просто имя Паня, мы бы получили Панин. Откуда же взялось -юд-?

Здесь скрывается редкая основа. Вероятнее всего, в основе лежит прозвище Панюда. В русских говорах слово «паню́да» или «паню́дить» могло означать «нытик», «плакса», «тот, кто ноет» (сравните с диалектным «панюкать» — плакать, канючить). Такие прозвища по поведению были распространены: они давались не в обиду, а как бытовая характеристика, которая затем закреплялась за потомками. Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с украинским или белорусским «пан» (господин) с уничижительным суффиксом -юд-, то есть «мелкий панок», «барин наоборот».

Словообразовательная модель проста: прозвище Панюда + патронимический суффикс -ин. Фамилия довольно редкая и локализованная. По данным исторических переписей и современных справочников, наибольшее число носителей традиционно проживает в центральных и южных областях России — в Тамбовской, Воронежской, Рязанской губерниях. Встречаются Панюдины и на Украине, что подтверждает возможное смешение диалектных корней.

Примечательно, что фамилия избежала массового искажения при переписях: её не переделали в более привычную Панин или Пантелеев. Это говорит о том, что прозвище Панюда было устойчивым и осмысленным в местной среде. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не получила развёрнутого толкования, но косвенно подтверждается через диалектные глаголы — это редкий случай, когда этимология строится не на имени святого, а на живом народном слове.