Основой фамилии Панютин послужило мирское имя Панюта. Согласно другой, более правдоподобной гипотезе, в основе фамилии лежит имя Панюта – уменьшительная форма имен Пантелеймон, Панкратий, Панфил. Некоторые Панютины – дворянский род, восходящий к началу XVII века и разделившийся на несколько ветвей. Он внесен в VI часть родословных книг Смоленской, Нижегородской, Московской, Орловской и Калужской губерний. Герб рода находится в восьмой части «Общего гербовника дворянских родов Российской империи». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Панюта, со временем получил фамилию Панютин.