Фамилия Панютин образована от старинного русского имени Панюта. Это уменьшительная форма целого ряда крестильных имен: Пантелеймон, Панкратий, Панфил. В народной среде такие сокращения были естественны: длинные греческие имена резали слух, поэтому их укорачивали до одного-двух слогов, добавляя ласковый суффикс. Так Пантелеймон превращался в Панюту, а его дети становились Панютиными. Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: Панютин сын, то есть потомок Панюты.

Существует и другая версия, по которой Панюта — самостоятельное мирское имя, не связанное с церковным календарем. Однако она менее убедительна: на Руси имена с таким корнем почти всегда восходили к греческим каноническим формам, поэтому версия с уменьшительной формой выглядит предпочтительнее.

Среди Панютиных есть дворянский род, известный с начала XVII века. Он разделился на несколько ветвей и был внесен в шестую часть родословных книг Смоленской, Нижегородской, Московской, Орловской и Калужской губерний. Шестая часть — это древнее дворянство, чье благородное происхождение подтверждалось за сто лет до реформ Петра I. Герб рода Панютиных помещен в восьмую часть «Общего гербовника дворянских родов Российской империи», что говорит о признании их статуса официальными геральдическими органами.

Вероятно, не все носители фамилии связаны с дворянством: крестьяне и горожане тоже могли получить прозвище Панюта, а затем передать его детям. Но именно дворянская ветвь сохранила документальные следы, позволяющие проследить историю рода на протяжении нескольких столетий. Таким образом, фамилия Панютин — это память о предке, которого в быту звали коротким именем Панюта, и эта форма закрепилась за его потомками навсегда.