Фамилия Панюта хранит память о личном имени, из которого она выросла. В её основе лежит старинная русская форма Панюта — так в быту могли называть человека, носившего одно из «Пан-» имён. Чаще всего это уменьшительное от Павел: латинское paulus переводится как «маленький», и такое имя было одним из самых распространённых на Руси. Однако круг возможных первоисточников шире. Панютой могли окликнуть и Пантелеймона (от греческого «всемилостивый»), и Панкрата («всемогущий»), и Панфила («всеми любимый»). Все эти имена в просторечии легко сжимались до короткого и звонкого Панюта.

Сама фамилия образовалась по классической восточнославянской модели: имя-основа Панюта застыла без дополнительного суффикса, что типично для древнейших пластов русских фамилий. Такие формы, как Панюта, нередко встречаются в документах XVI–XVII веков, когда прозвище или домашнее имя переходило к потомкам без изменений. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые отвечали на вопрос «чей сын?», форма Панюта напрямую называла человека — «тот, кого зовут Панюта». Это делает фамилию архаичной по своему устройству и роднит её с такими же бессуффиксными фамилиями, как Шульга, Скоробогатый или Балабан.

Интересно, что имя Панюта встречается не только у русских. Оно бытует и в белорусской, и в украинской среде, где уменьшительные формы на -юта особенно любили. Поэтому фамилия Панюта может указывать на западнорусские корни предков, хотя и в великорусских говорах такое имя не было редкостью. Кем был первый Панюта? Скорее всего, простым крестьянином, ремесленником или служилым человеком, которого окружающие знали по имени-прозвищу. Никакого отдельного занятия или сословия фамилия не отражает — она целиком построена на личном имени, а не на профессии или черте характера.

Спор о том, от какого именно полного имени произошла Панюта, вряд ли разрешится окончательно: без письменных источников о конкретной семье мы не узнаем, кого звали Павлом, а кого Панкратом. Но для носителя фамилии это скорее плюс: за ней стоит целый веер значений — от «маленького» до «всемилостивого». Выбор версии зависит от того, какая традиция была ближе предкам. Самая вероятная — связь с Павлом, потому что это имя было несравнимо более частотным, чем экзотические Панкрат или Панфил. А вот Пантелеймон в народной среде тоже пользовался уважением, так что и эту возможность сбрасывать со счетов не стоит.