Фамилия Пенюта — редкий пример, где основа, скорее всего, не отвлечённое прозвище, а конкретное действие или состояние. В её основе лежит древнерусский глагол «пенять» — упрекать, корить, жаловаться. Человек, которого прозвали Пенюта, мог быть тем, кто постоянно высказывал недовольство, сетовал на судьбу или ворчал. Впрочем, возможен и другой оттенок: «пеня» в некоторых говорах означала укор или наказание, так что прозвище мог получить и тот, кто часто попадал под раздачу.

Суффикс -ут(а) придаёт фамилии яркий диалектный колорит. В русской ономастике такие формы характерны для северо-западных и западных регионов — новгородских, псковских, смоленских земель. Модель образования здесь архаичная: от глагольной основы с помощью суффикса, который в древности выражал деятеля (ср. «ревут» — тот, кто ревёт, «крикута» — крикун). То есть Пенюта — это буквально «тот, кто пеняет». Подобные фамилии нечасты, и Пенюта стоит в одном ряду с такими же «глагольными» фамилиями, как Гулята, Брехута, Молчута.

Официально фамилия закрепилась без изменений: прозвище Пенюта стало родовым именем. Ударение, судя по произносительной норме, падает на второй слог — Пенюта́. Встречается она в основном на западе Беларуси и в приграничных областях России, что подтверждает её западнорусское происхождение. Сословных ограничений у неё не было: прозвище могли дать и крестьянину, и ремесленнику, и даже мелкому служилому человеку.

В словарях фамилия не фиксировалась широко, но её структура прозрачна. Если сравнивать с однокоренными — Пеняев, Пенягин, Пенюгин, — то Пенюта выделяется более древней словообразовательной моделью, почти исчезнувшей в современном русском языке. Это не просто «сын Пени» (как в фамилиях на -ов), а прямое прозвище, застывшее в именительном падеже.