Фамилия Паюта — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение, скорее всего, не связано с привычной славянской моделью «от имени или прозвища + суффикс принадлежности». В ней нет типичных -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на иную языковую среду. Самое вероятное объяснение — северное, а именно коми-пермяцкое или коми-зырянское происхождение.

В языках коми основа «паю» (или «пай») означает «доля», «часть», «счастье» или «удача». Суффикс -та в коми фамилиях часто выполняет роль притяжательного или образующего прилагательное от существительного. Таким образом, Паюта можно перевести как «счастливый», «удачливый» или «имеющий долю». Это не фамилия в привычном для центральной России смысле, а скорее прозвище-характеристика, закрепившееся за родом. Предок Паюта был, по-видимому, человеком, которому везло, или тем, кто получил свой надел земли (свою «долю») при переделе общинных угодий.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным русским словом «паюс» (рыбья икра в мешке, пленке) или глаголом «паять». Однако в таком случае фамилия скорее получила бы суффикс -ин (Паюсин) или -ев (Паюев). Форма на -та для русского словообразования нетипична и указывает на субстрат финно-угорских народов, издавна населявших бассейн Вычегды и Камы.

Географически фамилия Паюта действительно привязана к Республике Коми и Пермскому краю. Встречается она и на севере Свердловской области, куда в XIX веке переселялись коми-зыряне. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к государственным черносошным крестьянам или к охотникам-промысловикам, а не к дворянству. Связи с украинским или белорусским «паюта» (как вариант от «пай» — часть) нет — в тех языках фамилия оформлялась бы иначе. Таким образом, Паюта — это компактный, но точный след северного финно-угорского мира в русском фамильном списке.