Фамилия Парфунова — женская форма, а её мужской вариант Парфунов. Она образована от имени или прозвища Парфун. В основе лежит просторечная форма канонического крестильного имени Парфений. В древнерусском быту имя Парфений (от греческого «парфенос» — девственник, чистый) часто сокращали и переделывали на свой лад: Парфен, Парфун, Парфуня. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Парфунов — сын Парфуна.

Сама модель фамилии типична для центральной России и Поволжья. По суффиксу это классическая «вотчинная» фамилия, которая закрепилась за потомками человека по имени Парфун. Встречается она не слишком широко, но имеет устойчивое гнездо в Вологодской и Костромской областях, а также на Урале, куда фамилию могли занести переселенцы с Русского Севера.

Интересно, что имя Парфун могло быть и нецерковным прозвищем. В северных говорах слово «парфун» иногда употребляли в значении «увалень», «нерасторопный человек». Правда, эта версия менее вероятна, потому что прозвища с таким окончанием обычно давали по действию или внешности, а не по характеру. Но полностью исключать её нельзя: в ономастике известны случаи, когда диалектное слово становилось фамилией, если его носитель был заметен в общине.

Фамилия Парфунова могла принадлежать крестьянам или посадским людям. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не числится. Это фамилия, которая пошла от простого человека, чьё имя в официальных документах записали через «народный» вариант, а не через полное церковное Парфений.