Фамилия Паргамина — редкий пример, где географическое название, скорее всего, стало основой для прозвища, а затем и для фамилии. Самая вероятная версия связывает её с топонимом Пергам — так в древности назывался могущественный малоазийский город (на территории современной Турции). В русской традиции через греческое посредничество это название могло звучать как «Паргам» или «Пергам». Если предок получил прозвище Паргам, это могло означать, что он либо побывал в тех краях (например, купец или паломник), либо внешне или по характеру напоминал иноземца, либо носил вещь, связанную с Пергамом — скажем, пергамент (который, кстати, назван по городу). От прозвища Паргам с помощью патронимического суффикса -ин образовалась фамилия Паргамин, а Паргамина — её женская форма.

Менее вероятна, но возможна связь с греческим словом «парга» — нечто вроде «загородного дома» или «башни». В этом случае прозвище могло относиться к человеку, жившему в отдельном укреплённом доме. Однако эта версия слабее, потому что фамилия не встречается массово в греческой среде, а её русское окончание -ин указывает на адаптацию в восточнославянской языковой среде.

Словообразовательная модель здесь классическая: основа на твёрдый согласный (Паргам) плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Паргамин, то есть сын Паргама. Такие фамилии в России закреплялись в основном в XVI–XVII веках. Фамилия Паргамина — редкая, её носители, скорее всего, происходят из одного корня, возможно, из старообрядческой или купеческой среды, где ценились книжные и географические знания. Встречаемость фамилии в современных базах данных невысока, что говорит о её локальном бытовании.