Фамилия Паргунькин — редкий пример, где суффикс -ин указывает на принадлежность к личному имени или прозвищу, а всё слово в целом звучит необычно даже для русского уха. Разберём её по косточкам.

Основа здесь — Паргунька. Это уменьшительная форма от какого-то полного имени или прозвища. Самый прямой путь — к крестильному имени Парфён (от греческого «парфенос» — девственник). В народе Парфёна часто звали Парфунька, а с характерной для русских говоров заменой «ф» на «х» или «г» (как в словах «графин» — «грахвин», «Фёдор» — «Хведор») форма Паргунька возникла легко и естественно. Суффикс -к- здесь уменьшительно-ласкательный, а -ин в фамилии означает «чей?» — сын Паргуньки, потомок человека с таким именем.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых говорах «паргун» могло означать нечто вроде «ворчун» или «брюзга» (ср. «парганить» — ворчать). Если так, то Паргунькин — «внук ворчуна». Но эта гипотеза слабее: слово плохо зафиксировано в словарях, а имя Парфён в форме Паргунька встречается в исторических документах, например, в переписных книгах XVII века на Русском Севере.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — Вологодчине, Костромской области, отчасти к Вятке. Там имя Парфён было распространено, и его народные варианты давали жизнь фамилиям вроде Парфёнов, Парфентьев, Паршин и, конечно, Паргунькин. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, что делает её маркером: носители почти наверняка происходят из одного небольшого гнезда, где предок носил это имя несколько поколений назад. Сословного барьера у фамилии не было — её могли получить и крестьяне, и посадские люди, так как имя Парфён не было дворянским.